OpenProtein.AI предоставляет биологам инструменты для дизайна белков

Искусственный интеллект уже демонстрирует свою способность ускорять разработку лекарств и улучшать понимание болезней. Однако для превращения ИИ в новые методы лечения необходимо предоставить самые современные модели ученым. Проблема в том, что большинство ученых не являются экспертами в области машинного обучения. Теперь компания OpenProtein.AI помогает ученым оставаться на переднем крае ИИ с помощью платформы без кода, которая предоставляет доступ к мощным базовым моделям и набору инструментов для проектирования белков, предсказания их структуры и функции, а также обучения моделей.

Компания, основанная Тристаном Беплером и бывшим доцентом MIT Тимом Лу, уже снабжает исследователей в фармацевтических и биотехнологических компаниях инструментами, включая собственные разработанные базовые модели для инженерии белков. OpenProtein.AI также предлагает свою платформу ученым в академических кругах бесплатно.

«Сейчас действительно захватывающее время, потому что эти модели могут не только сделать проектирование белков более эффективным — что сокращает сроки разработки для терапевтических и промышленных нужд — но и улучшить нашу способность проектировать новые белки с определенными свойствами», — говорит Беплер. «Мы также думаем о применении этих подходов к не белковым модальностям. В большом масштабе мы создаем язык для описания биологических систем».

Беплер пришел в MIT в 2014 году в рамках программы PhD по вычислительной и системной биологии, обучаясь у профессора Бонни Бергер. Именно там он осознал, насколько мало мы знаем о молекулах, составляющих строительные блоки биологии. «Мы недостаточно охарактеризовали биомолекулы и белки, чтобы создать хорошие предсказательные модели того, как будет работать, например, целый геномный контур», — вспоминает Беплер.

Он начал исследовать способы предсказания цепей аминокислот, составляющих белки, анализируя эволюционные данные. Это предшествовало выпуску Google AlphaFold, мощной модели предсказания структуры белков. Работа привела к созданию одной из первых генеративных ИИ моделей для понимания и проектирования белков — то, что команда называет языковой моделью белков.

С момента своего основания команда OpenProtein продолжает добавлять инструменты на свою платформу для исследователей независимо от размера их лаборатории или ресурсов. «Мы стараемся сделать платформу универсальным инструментарием», — говорит Беплер. «У нее есть конкретные рабочие процессы, но она не привязана к одной функции белка или классу белков. Одним из замечательных аспектов этих моделей является то, что они очень хорошо понимают белки в целом».